Sinopse:"Para que algo seja obtido, algo de igual valor deve ser perdido."
A alquimia é limitada por esta Lei de Troca Equivalente - algo que os jovens irmãos Edward e Alphonse Elric só percebem depois de tentarem a transmutação humana: o único ato proibido de alquimia. Eles pagam um preço terrível por sua transgressão - Edward perde sua perna esquerda, Alphonse seu corpo físico. É apenas pelo sacrifício desesperado do braço direito de Edward que ele é capaz de prender a alma de Alphonse a uma armadura. Devastado e sozinho, é a esperança de que os dois eventualmente retornem aos seus corpos originais que dá a Edward a inspiração para obter membros de metal chamados "automail" e se tornar um alquimista estatal, o Fullmetal Alchemist.
Três anos de busca depois, os irmãos procuram a Pedra Filosofal, uma relíquia mítica que permite ao alquimista superar a Lei da Troca Equivalente. Mesmo com os aliados militares Coronel Roy Mustang, Tenente Riza Hawkeye e Tenente Coronel Maes Hughes do seu lado, os irmãos se encontram em uma conspiração nacional que os leva não apenas à verdadeira natureza da elusiva Pedra Filosofal, mas também à tenebrosa Pedra Filosofal história também. Entre encontrar um serial killer e correr contra o tempo, Edward e Alphonse devem se perguntar se o que estão fazendo os tornará humanos novamente ... ou tirará sua humanidade.