Sinopse:Grisaia no Rakuen começa logo no final da edição anterior, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji é preso sob suspeita de terrorismo. Um vídeo mostrando provas aparentemente concretas de que Yuuji cometeu esses atos, e ele está detido por Ichigaya.
Ichigaya sabe muito bem que Yuuji não cometeu os crimes de que foi acusado. Mas ele falhou em assassinar Heath Oslo, que é o líder da organização terrorista com uma arma extremamente devastadora em sua posse. Na verdade, Ichigaya tem seus próprios planos para Yuuji ...
Mas nem tudo pode estar perdido para Yuuji. As garotas da Mihama Academy não estão dispostas a deixar Yuuji ser usada para ganhos políticos, nem a misteriosa nova figura que aparece diante delas.
